Ο Ανδρέας Μουστοξύδης γεννήθηκε στην Κέρκυρα το 1785. Σε ηλικία δεκαπέντε χρονών πήγε στην Ιταλία και σπούδασε στο Πανεπιστήμιο της Πάντοβα, όπου και αναγορεύτηκε διδάκτωρ, ήταν από τους πρώτους Έλληνες ιστοριογράφους που εργάστηκαν με μεθοδικότητα και ακρίβεια πάνω στην 'Eλληνική ιστορία. Το 1805 ονομάστηκε μέλος της «Αρχαιολογικής Εταιρείας» της Φλωρεντίας και της «Φλωρεντιανής Ακαδημίας». Το 1804 δημοσίευσε την πρώτη του ιστορική πραγματεία με τίτλο «Σημειώσεις για την Κερκυραϊκή Ιστορία από τους ηρωικούς χρόνους ως το τέλος του 12ου αιώνα».Όταν η Κέρκυρα περιήλθε στα χέρια των Γάλλων έφυγε στην Ιταλία για δεύτερη φορά. Εκεί το 1811 και 1814 εξέδωσε δύο τόμους των ιστορικών του μελετών. Στη Ζυρίχη συναντήθηκε με τον Καποδίστρια. Μετά την απελευθέρωση της Ελλάδας κλήθηκε από τον Καποδίστρια να επιστρέψει στην πατρίδα και ανέλαβε τη διεύθυνση της σχολής της Αίγινας, και την οργάνωση της εκπαίδευσης γενικότερα. Μετά τη δολοφονία του Καποδίστρια, στις 27 Σεπτεμβρίου 1831, παραιτήθηκε και έφυγε από την Αίγινα. Διώχθηκε από τους πολιτικούς αντιπάλους του Καποδίστρια και συκοφαντήθηκε με τρόπο άπρεπο και ανάξιο της φήμης του.