Με το εξειδικευμένο λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης (Peptidix3D.exe) δίνεται στο χρήστη η δυνατότητα να επιλέξει δύο α-αμινοξέα, το N-τελικό και το C-τελικό Αμινοξύ, και να δει τα μοντέλα των δύο αμινοξέων καθώς και το μοντέλο του διπεπτιδίου που προκύπτει από αυτά, αξιοποιώντας τις δυνατότητες που του προσφέρει το λογισμικό.