Με το εξειδικευμένο λογισμικό μοριακής μοντελοποίησης (Isomerix3D.exe) μπορεί ο χρήστης να επιλέξει και να εμφανίσει το μοντέλο ενός οργανικού μορίου που επιθυμεί καθώς και το ισομερές του, ενώ παράλληλα μπορεί να λάβει πληροφορίες για το μόριο και το ισομερές του ( όπως για την ομόλογη σειρά του μορίου, το όνομά του κατά IUPAC και τον συντακτικό του τύπο).