Στο πρόγραμμα Enantiomerix3D μπορείτε να επιλέξετε το μόριο που επιθυμείτε από μια λίστα που υπάρχει στο αριστερό μέρος του παραθύρου, και στο δεξιό μέρος του παραθύρου και στο χώρο Α εμφανίζεται το μοντέλο του μορίου που επιλέξατε. Στο χώρο Β εμφανίζεται το κατοπτρικό του είδωλο σε επίπεδο καθρέπτη που βρίσκεται στο μέσον των δύο χώρων και είναι κάθετος σε αυτούς.
Με την «Επισήμανση ομάδων» μπορείτε να δείτε μια απλοποιημένη μορφή των μοντέλων, όπου τα άτομα κάθε μιας από τις τέσσερις ομάδες που συνδέονται με τον κεντρικό άνθρακα επισημαίνονται με διαφορετικά χρώματα με βάση τη σειρά προτεραιότητας της μεθόδου στερεοχημικής απεικόνισης των Cahn, Ingold και Prelog.