Η παρακμή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας και η διαφαινόμενη απώλεια όλων των ευρωπαϊκών εδαφών της ενίσχυσε τον αλυτρωτισμό των βαλκανικών κρατών (Ελλάδας, Βουλγαρίας και Σερβίας) και το όνειρο για εθνική ολοκλήρωση με την επέκταση των εδαφών τους. Η διεκδίκηση όμως κοινών περιοχών (Μακεδονία) έφερε τον ανταγωνισμό. Αρχικά η κάθε πλευρά προσπαθούσε με την ίδρυση σχολείων και εκκλησιών να προσεταιριστεί τους πληθυσμούς της Μακεδονίας για να μπορεί να επικαλείται έτσι την εθνικότητά τους στα διεθνή συνέδρια. Η αποτυχία όμως των Βουλγάρων να προσηλυτίσουν μεγάλο μέρος του πληθυσμού της Μακεδονίας, λόγω της υπεροχής του ελληνικού στοιχείου, έφερε τη βία. Οι Βούλγαροι από το 1900 στέλνουν οπλισμένα αντάρτικα σώματα, τους Κομιτατζήδες, που δρουν με ιδιαίτερη σκληρότητα με σκοπό τον αφελληνισμό της Μακεδονίας. Η αντίδραση από την ελληνική πλευρά εκδηλώθηκε το 1904 με την ίδρυση στην Αθήνα του Μακεδονικού Κομιτάτου, το οποίο αποφασίζει την αποστολή ανταρτικών σωμάτων για την προστασία του ελληνικού πληθυσμού. Παράλληλα και ο ίδιος ο ελληνισμός της Μακεδονίας οργανώνεται και με τη συμβολή των τοπικών προξενικών αρχών και μητροπόλεων δημιουργεί πυρήνες αντίστασης. Η οργανωμένη και δυναμική ελληνική αντίδραση περιόρισε τελικά τη δράση των βουλγαρικών ένοπλων σωμάτων. Ο ανταγωνισμός στη Μακεδονία μεταξύ Βουλγάρων και Ελλήνων τερματίστηκε προσωρινά με το κίνημα των Νεότουρκων (1908) και την ψήφιση Συντάγματος που υποσχόταν την κατοχύρωση των δικαιωμάτων των χριστιανικών εθνοτήτων της Μακεδονίας.
Ο Μακεδονικός Αγώνας κατέδειξε σαφώς την υπεροχή του ελληνικού στοιχείου της Μακεδονίας και προετοίμασε το έδαφος για την απελευθέρωσή της με τους Βαλκανικούς πολέμους (1912-13).