Το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, από το 315 π.Χ., είναι η φυσική πύλη που οδηγεί στην ενδοχώρα της Βαλκανικής χερσονήσου και στις χώρες της Κεντρικής Ευρώπης. Η γεωγραφική του θέση είναι μεγάλης στρατηγικής σημασίας καθιστώντας το, πολύ συχνά στο παρελθόν, αντικείμενο πολιορκιών, επιθέσεων, καταλήψεων και ναυμαχιών. Δεσπόζοντας στο μυχό του Θερμαϊκού Κόλπου, διαδραματίζει έναν εξαιρετικά σημαντικό ρόλο σε ότι αφορά την εμπορευματική κίνηση της ευρύτερης περιοχής. Εξυπηρετεί όχι μόνο την εγχώρια αγορά αλλά χρησιμοποιείται και ως κόμβος διανομής για τις κοντινές αγορές λόγω του διευρυμένου δικτύου μεταφορών που έχει καθώς και της εγγύτητάς του σε αυτές. Η σύγχρονη ιστορία του λιμένος ξεκινά την τελευταία δεκαετία του 19ου αιώνα με την επέκταση της προκυμαίας της Θεσσαλονίκης προς τη θάλασσα και τη δημιουργία τμήματος της ανατολικής πλευράς, της σημερινής 1ης προβλήτας. Το 1904, υπογράφεται σύμβαση μεταξύ της Τουρκίας και της Γαλλίας για την κατασκευή και εκμετάλλευση νέων έργων στο λιμάνι της Θεσσαλονίκης. Την κατασκευή των έργων αναλαμβάνει η νεοσυσταθείσα Γαλλική εταιρεία Société Anonyme Ottomane de Construction et Exploitation du Port de Salonique, με δικαίωμα εκμετάλλευσης αυτών έως το 1944. Σε μικρό χρονικό διάστημα, ολοκληρώνεται η 1η προβλήτα και κατασκευάζεται το κρηπίδωμα μεταξύ της 1ης και 2ης προβλήτας, το ανατολικό κρηπίδωμα του 2ου προβλήτα, τμήμα του σημερινού κυματοθραύστη, σιδηροδρομικό δίκτυο, δίκτυα ύδρευσης, φωταερίου και υπονόμων καθώς και αποθήκες επί της 1ης προβλήτας. Επίσης αγοράστηκαν οι πρώτοι γερανοί για τη φορτοεκφόρτωση των εμπορευμάτων από τα πλοία. Έως το 1912 ολοκληρώνεται και η κατασκευή του κτιρίου των Τελωνείων, έργο σχεδιασμένο από τον λεβαντίνο αρχιτέκτονα Alexandre Vallaury και κατασκευασμένο από τον αρχιτέκτονα Ελί Μοδιάνο. Στις 26 Οκτωβρίου 1912 η Θεσσαλονίκη και το λιμάνι της απελευθερώνονται από τον Ελληνικό Στρατό. Με τη λήξη των Βαλκανικών πολέμων (1913) και τον καθορισμό των συνόρων των Βαλκανικών κρατών, το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, το οποίο εξυπηρετούσε μεγάλη έκταση της Βαλκανικής χερσονήσου, περιόρισε την ενδοχώρα του στην Ελληνική επικράτεια (περίπου 80 χλμ βόρεια της Θεσσαλονίκης). Για τη συνέχιση του φυσικού ρόλου του λιμένος, που αποτελεί την εξυπηρέτηση των κατοίκων όλης της Βαλκανικής, η Ελληνική Κυβέρνηση ίδρυσε, το 1914, την Ελευθέρα Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης. Ο χώρος της καταλάμβανε τη μεγαλύτερη έκταση του λιμένος, διαχωρισμένης με περιτείχισμα από το υπόλοιπο αποκαλούμενο Ελεύθερο Λιμάνι που καταλάμβανε την 1η προβλήτα. Στον χώρο αυτό όλα τα διακινούμενα, αποταμιευόμενα και φορτοεκφορτωμένα εμπορεύματα κινούνται χωρίς τελωνειακή επίβλεψη και απαλλάσσονται των εισαγωγικών δασμών ή άλλων φόρων πλην των φορτοεκφορτωτικών και αποθηκευτικών δικαιωμάτων. Για την εξυπηρέτηση του Γιουγκοσλαβικού διαμετακομιστικού εμπορίου μέσω του λιμένος της Θεσσαλονίκης, ιδρύθηκε, λόγω των φιλικών σχέσεων των δύο χωρών, το έτος 1923, η Γιουγκοσλαβική Ελευθέρα Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης, η οποία εγκαταστάθηκε σε περιτειχισμένο χώρο 94.000 τμ που περιελάμβανε τον προβλήτα 2 με κρηπίδωμα εξυπηρέτησης των πλοίων το κρηπίδωμα 9. Η Γιουγκοσλαβική Ελευθέρα Ζώνη καταργήθηκε το 1975 και μετά τη λήξη των παρατάσεων της σύμβασης το 1995, τα γιουγκοσλαβικά εμπορεύματα διακινούνται από την Ελεύθερη Ζώνη του λιμένος της Θεσσαλονίκης χωρίς ειδικές διατάξεις. Κατά τη διάρκεια του Β' παγκοσμίου πολέμου το λιμάνι της Θεσσαλονίκης καταλαμβάνεται από τον γερμανικό στρατό (1941-1944) και λόγω του συνεχούς βομβαρδισμού του, από την Αγγλική και Αμερικανική Αεροπορία καθώς επίσης και την ανατίναξη των εναπομεινάντων εγκαταστάσεων από τους Γερμανούς κατά την αποχώρηση τους, σχεδόν το σύνολο των λιμενικών εγκαταστάσεων καταστράφηκε. Από το τέλος του Β' παγκοσμίου πολέμου και έως σήμερα το λιμάνι της Θεσσαλονίκης, συνεχώς επεκτείνεται προς τα δυτικά, καταρχήν με την αποκατάσταση των εγκαταστάσεων και μετέπειτα με την κατασκευή νέων προβλητών, αποθηκευτικών χώρων, οδικών αξόνων και σιδηροδρομικών γραμμών, με ταυτόχρονη αγορά σύγχρονου μηχανολογικού εξοπλισμού. Αμέσως μετά τον πόλεμο το έτος 1946, κατασκευάζεται η 3η προβλήτα (προβλήτα Λαγκασάιρ). Το 1962 ολοκληρώνεται η 4η προβλήτα (προβλήτα Μπεχτσινάρ) και το 1966 η 5η προβλήτα. Το 1972 άρχισε η κατασκευή της 6ης προβλήτας, της οποίας το μεγαλύτερο τμήμα ολοκληρώθηκε έως το 1989, χρόνο έναρξης της λειτουργίας του Σταθμού Εμπορευματοκιβωτίων. Τη δεκαετία του 1990 ολοκληρώνεται το μεγαλύτερο μέρος του έργου της εκβάθυνσης - αφαίρεσης ιλύος - επιχωμάτωσης της βάσης του 6ου προβλήτα, αναβαθμίζοντας περιβαλλοντικά την περιοχή και ταυτόχρονα αυξάνοντας σημαντικά την αποθηκευτική ικανότητα του λιμένος της Θεσσαλονίκης. Επίσης κατασκευάζεται η απευθείας, με παράκαμψη της πόλης, οδική σύνδεση του λιμένος με το εθνικό οδικό δίκτυο της χώρας.