Το προτεινόμενο σενάριο με τίτλο «Άτομα και μόρια. Προσομοιώματα.» απευθύνεται στους μαθητές της Β΄ Γυμνασίου και σχετίζεται με το κεφάλαιο 2.8 της διδακτέας ύλης. Το σενάριοαποτελείται από τρεις διαδοχικές φάσεις. Η παιδαγωγική θεώρηση της διδασκαλίας είναι η καθοδηγούμενη διερευνητική προσέγγιση. Η πρώτη φάση έχει ως πυρήνα ένα φύλλο εργασίας. Οι μαθητές εμπλέκονται στο πρόβλημα μέσω μιας ιστορικής διαδρομής εξέλιξης της ατομικής θεωρίας και με την πρώτη ερώτηση του φύλλου εργασίας που συνδέει το μάθημα με τις προηγούμενες ενότητες. Στη δεύτερη φάση γίνεται εξερεύνηση και εξήγηση της διαφοράς των μορίων των στοιχείωνκαι των χημικών ενώσεων με τη βοήθεια του λογισμικού του Phet «Δημιουργία μορίου» και της κατασκευής μοριακών μοντέλων με απλά υλικά (πλαστελίνες, οδοντογλυφίδες). Οι μαθητές δουλεύουν συνεργατικά σε ομάδες των τεσσάρων ατόμων. Χρησιμοποιείται ένα δεύτερο φύλλο εργασίας για τη διευκόλυνση της διαδικασίας.Στην τρίτη και τελευταία φάση γίνεται εκτενέστερη επεξεργασία με τη μελέτη δύο προσομοιώσεων από το Φωτόδενδρο που παριστάνουνμόρια χημικών ενώσεων και ενός μορίου χημικού στοιχείου. Στην ίδια φάση γίνεται και αξιολόγηση με τη βοήθεια των εργαλείων της πλατφόρμας «Αίσωπος».