Ενώ ο Παύλος Μελάς βρίσκεται στις Πρέσπες η Τουρκική πρεσβεία πληροφορούμενη την παρουσία του στη Μακεδονία ζητά από την ελληνική κυβέρνηση την ανάκλησή του. Αν και αρχικά ο ίδιος αρνείται, τελικά με παρότρυνση του Ίωνα, τον οποίο και συναντά στο Μοναστήρι, επιστρέφει. 29 Μαρτίου του 1904 δίνει αναφορά του έργου του στην κυβέρνηση. Κατά την παραμονή του στην Αθήνα μονομαχεί με τον Κολοκοτρώνη λόγω διαφωνίας στα εθνικά θέματα. Εν τω μεταξύ τα βουλγαρικά κομιτάτα οργιάζουν και ο Παύλος Μελάς απευθύνεται σε κάθε επίσημο ή ανεπίσημο φορέα ζητώντας βοήθεια για τη Μακεδονία.