Η εικόνα μπορεί να χρησιμοποιηθεί στο μάθημα των Εικαστικών, της Ιστορίας της Τέχνης και των Θρησκευτικών, καθώς και σε θεματικές διδασκαλίες, ερευνητικές εργασίες και σχολικά προγράμματα με θέμα την αγιογραφία, την εκκλησιαστική τέχνη και την απεικόνιση θρησκευτικών θεμάτων. Προτείνεται να συγκριθεί με απεικονίσεις του Ιωάννη του Προδρόμου από άλλους ζωγράφους, τόσο της Ορθόδοξης, όσο και της Δυτικής παράδοσης, ώστε να κατανοηθούν καλύτερα οι διαφορές μεταξύ της βυζαντινής, της δυτικής και της μικτής τεχνοτροπίας (που απαντάται κυρίως στην ενετοκρατούμενη Κρήτη και τα Επτάνησα) που συνυπήρχαν την ίδια εποχή. Προτείνεται, επίσης, να γίνει μια σύγκριση με τον Άγιο Ιωάννη τον Βαπτιστή του Λεονάρντο Ντα Βίντσι (Μουσείο Λούβρου) ο οποίος χρονολογείται λίγα μόλις χρόνια πριν το έργο του Περμενιάτη, ώστε να εντοπιστούν και να κατανοηθούν οι διαφορές ανάμεσα στο στυλ και τα χαρακτηριστικά της όψιμης Αναγέννησης και το μικτό στυλ του Περμενιάτη που συνδυάζει αριστοτεχνικά τυπολογικά στοιχεία τόσο της Αναγέννησης όσο και της βυζαντινής αγιογραφίας. Επιπλέον, προτείνεται να αναζητηθεί ολόκληρο το έργο («Ένθρονη Θεοτόκος με τον Άγιο Ιωάννη και τον Αυγουστίνο») στο διαδίκτυο, καθώς έχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον και μπορεί να αξιοποιηθεί διδακτικά η δυτικότροπη απόδοση του χώρου (δάπεδο, τοπίο) και να γίνουν συγκρίσεις με το συνολικό έργο και το εικονογραφικό στυλ άλλων σημαντικών εκπροσώπων της Κρητικής σχολής, όπως του Μιχαήλ Δαμασκηνού, του Γεωργίου Κλότζα, του Λαμπάρδου Εμμανουήλ, αλλά και του Δομήνικου Θεοτοκόπουλου. Ειδικότερα όσον αφορά στο Δομήνικο Θεοτοκόπουλο, σημειώνεται σαν πρόταση σύγκρισης το έργο «Η προσκύνηση των μάγων», ένα θέμα που έχουν φιλοτεχνήσει και οι δυο ζωγράφοι. Και τα δυο έργα βρίσκονται στο Μουσείο Μπενάκη στην Αθήνα. Το έργο του Θεοτοκόπουλου αποτελεί ένα από τα πιο χαρακτηριστικά έργα της Κρητικής περιόδου του Γκρέκο, ενώ το αντίστοιχο έργο του Περμενιάτη είναι ένα από τα πιο πολυσύνθετα έργα του, με έμφαση στην πολυεπίπεδη απόδοση της δράσης και την έντονη χρήση της προοπτικής.