Στη νότια πλευρά του ναού υπήρχαν 32 μετόπες. Από αυτές οι 23 εικονίζουν σκηνές από την Κενταυρομαχία και οι υπόλοιπες 9 διάφορα θέματα. Η Κενταυρομαχία εικονίζεται στις 12 πρώτες (1-12) και στις 11 τελευταίες (22-32). Σύμφωνα με το μύθο ο Πειρίθοος και ο φίλος του ο Θησέας ήταν αυτοί που έφεραν τους Λαπίθες από τη Θεσσαλία. Ο Πειρίθοος, για να γιορτάσει το γάμο του με την Ιπποδάμεια, έκανε ένα γλέντι στο οποίο κάλεσε και τους Κενταύρους, οι οποίοι ήταν συγγενείς του. Οι Κένταυροι, μη όντας συνηθισμένοι στο κρασί, μέθυσαν και ένας απ' αυτούς, ο Εύρυτος, προσπάθησε να βιάσει τη μνηστή του Πειρίθοου. Τον Εύρυτο μιμήθηκαν κι άλλοι Κένταυροι κι ο γάμος κατέληξε σε συμπλοκή. Το αποτέλεσμα ήταν να χαθούν πολλοί κι απ' τις δύο μεριές. Στο τέλος νίκησαν οι Λαπίθες που εξανάγκασαν τους Κενταύρους να εγκαταλείψουν τη Θεσσαλία. Στη μάχη λέγεται πως πήρε μέρος κι ο Θησέας, ως φίλος του Πειρίθοου. Όσον αφορά την Κενταυρομαχία πέρα από την αναφορά στο μύθο, κυριαρχεί κυρίως η αντίθεση ανάμεσα στη βαρβαρότητα και στον πολιτισμό. Οι Κένταυροι θεωρούνται ως βάρβαροι, καταχρώνται τη φιλοξενία των πολιτισμένων Λαπιθών, αρπάζουν τις γυναίκες τους και χρησιμοποιούν ως όπλα τα σκεύη της φιλοξενίας (υδρίες), όπως φαίνεται στις μετόπες 4, 9, 23, ενώ οι Λαπίθες χρησιμοποιούν όπλα ευγενή όπως είναι το ξίφος και το δόρυ. Οι μετόπες της πλευράς αυτής δε σφυροκοπήθηκαν από τους Χριστιανούς, είτε γιατί δεν ήταν απευθείας ορατές, είτε γιατί το θέμα τους παρεξηγήθηκε. Ο J. Carrey σχεδίασε το 1674 όλες τις μετόπες και είναι ευνόητη η πολύτιμη αξία αυτών των σχεδίων, γιατί μετά από 13 χρόνια, το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου 1687, σημειώθηκε η καταστροφική έκρηξη από τις οβίδες του Φραγκίσκου Μοροζίνι. Δεκαπέντε μετόπες βρίσκονται σήμερα στο Βρετανικό Μουσείο, μία στο Λούβρο και μία στη θέση της στην Ακρόπολη. Από τα θραύσματα ανασυντάχθηκε με τη βοήθεια των σχεδίων του Carrey η 12η μετόπη και φυλάσσεται στο Μουσείο της Ακρόπολης.