Μια από τις πιο σοβαρές απειλές για λίμνες και θάλασσες είναι η ρύπανση από βιομηχανικά απόβλητα. Οι βιομηχανίες χρησιμοποιούν στην παραγωγική τους διαδικασία μικρές έως πολύ μεγάλες ποσότητες νερού. Το νερό αυτό όταν αποβάλλεται περιέχει ανάλογα με την βιομηχανία ουσίες επικίνδυνες για το περιβάλλον. Επίσης αν είναι ζεστό ανεβάζει τη θερμοκρασία των φυσικών νερών (θερμική ρύπανση).